SJTA 的組織結構反映了管理局擴大的服務和部門，如下：

委員會－管理局的職責由由州長任命的七名委員和兩名當然內閣官員組成的委員會履行：交通運輸專員（有投票權的成員）和新澤西州經濟發展局專員（列席）。執行長向理事會報告工作。

執行部門負責大西洋城高速公路、大西洋城國際機場和運輸服務的日常運作。其他職責包括但不限於監督所有部門活動、策略規劃、維護規則和條例以及製定政策舉措和目標以推進管理局的使命。這是根據 SJTA 的核心價值、現行立法、行政命令並在其授權立法框架內完成的。

SJTA 也是南澤西交通規劃組織 (SJTPO) 的行政主辦單位。 SJTPO 是大都會規劃組織 (MPO)，為新澤西州南部的大西洋縣、五月岬縣、坎伯蘭縣和塞勒姆縣提供服務。 SJTPO 作為技術資源，提供資金，並致力於提供解決交通規劃和工程問題的區域方法。

執行部門由執行董事 Stephen F. Dougherty 負責監督。直接向 Dougherty 先生匯報的人員包括幕僚長 David Zappariello、首席現場營運長 James Sullivan、首席行政官 Paul Heck 和財務長 Karen Davis。

SJTA 的其他九個部門包括：

機場部門負責監督大西洋城國際機場的所有運營，包括機場標準和程序、FAA 法規、航站樓安全和安保、航空公司租戶和商業機會，以及為2022 年使用該機場的955,947 名乘客提供的維護和服務。Timothy Kroll，機場總監，監督該部門。

工商管理部負責監督業務管理、人力資源、管理大西洋城高速公路廣告看板的戶外廣告計劃以及經濟發展。工商管理總監科琳·哈克特 (Colleen Hackett) 負責監督該部門。

工程部負責大西洋城高速公路和大西洋城國際機場的基本建設項目和環境緩解的設計和施工。工程總監兼總工程師 Stephen M. Mazur 負責監督該部門。

營運部負責營運大西洋城高速公路。這包括（但不限於）道路、旅客資訊系統、車隊的維護和保養、高速公路州警察行動的管理以及緊急服務巡邏 (ESP)。營運總監 Nelson W. Wiest 負責監督該部門。

財務部負責管理局的預算、資本計劃和所有會計、採購和財務職能以及工資和債務管理。它還負責指導管理局進行的所有金融交易，例如債務發行、再融資以及長期和短期投資。財務總監兼財務主管凱倫戴維斯 (Karen Davis) 負責監督該部門。

企業資訊部負責SJTA的軟體、硬體和資訊系統的開發、營運和維護。這包括所有財務和行政資訊系統、連接設施的廣域網路 (WAN) 以及所有軟體和硬體程式和流程。 Joesph Mahoney 是企業資訊服務經理，負責監督該部門。

收費技術部的任務是管理和維護管理局的電子收費系統、E-ZPass 運作以及全電子收費系統的實施。該部門還解決顧客 E-ZPass 問題，包括應答器、錯過通行費和違規行為。運輸技術總監 Joel T. Falk 負責監督該部門。

行銷與傳播部向公眾通報管理局新聞並處理所有媒體關係。該部門負責一般 SJTA 活動、一般行銷和道路廣告活動的進行。該部門還負責處理公共資訊的發布，將 OPRA 請求轉發給適當的官員，並透過活動、出版物、促銷、外展計劃和社區關係促進公共關係。參謀長戴維·扎帕里埃洛 (David Zappariello) 負責監督該部門。



運輸服務部營運的路線著重於增加公共運輸服務不足地區的就業機會。該部門還透過與多所大學、縣和企業的共享服務協議提供接駁車服務。該部門強調其社區服務職能，在卡姆登縣促進了強有力的送餐上門計畫。這些業務由贈款和雇主捐款資助，為大西洋縣、卡姆登縣和格洛斯特縣提供服務。運輸服務總監多米尼克·達米科 (Dominic D'Amico) 負責監管該部門。