يشرف على الإدارة التنفيذية المدير التنفيذي، ستيفن ف. دوغرتي. ويرفع تقاريره مباشرةً إلى السيد دوغرتي كلٌّ من سوزان أنغولو، رئيسة الموظفين، وجيمس سوليفان، رئيس العمليات الميدانية، وبول هيك، الرئيس الإداري، وكيفن ستيت، الرئيس المالي.

تشمل الأقسام التسعة الأخرى في SJTA ما يلي:

تشرف إدارة المطار على جميع عمليات مطار أتلانتيك سيتي الدولي بما في ذلك معايير وإجراءات المطار، ولوائح إدارة الطيران الفيدرالية، وسلامة وأمن المحطة، ومستأجري شركات الطيران وفرص العمل، والصيانة والخدمة لـ 1،042،348 مسافرًا استخدموا المطار في عام 2024. يشرف تيموثي كرول، مدير المطار، على الإدارة.

يشرف قسم إدارة الأعمال على إدارة الأعمال، والموارد البشرية، وإدارة برنامج الإعلانات الخارجية للوحات الإعلانية على طريق أتلانتيك سيتي السريع، والتنمية الاقتصادية. تشرف كولين هاكيت، مديرة إدارة الأعمال، على القسم.

يتولى قسم الهندسة مسؤولية تصميم وتنفيذ المشاريع الرأسمالية والتخفيف من الآثار البيئية على طريق أتلانتيك سيتي السريع ومطار أتلانتيك سيتي الدولي. ويشرف على القسم دانيال كوريجان، مدير الهندسة وكبير المهندسين.

يتولى قسم العمليات مسؤولية تشغيل طريق أتلانتيك سيتي السريع. ويشمل ذلك (على سبيل المثال لا الحصر) صيانة الطريق، وأنظمة معلومات المسافرين، وأسطول المركبات، وإدارة عمليات شرطة الولاية على الطريق السريع، ودوريات خدمات الطوارئ. ويشرف على هذا القسم نيلسون دبليو ويست، مدير العمليات.

تتولى إدارة المالية مسؤولية الميزانية، وبرنامج رأس المال، وجميع أعمال المحاسبة والمشتريات والخزانة في الهيئة، بالإضافة إلى إدارة الرواتب والديون. كما تتولى إدارة جميع المعاملات المالية التي تقوم بها الهيئة، مثل إصدار الديون، وإعادة التمويل، والاستثمارات طويلة وقصيرة الأجل. ويشرف على الإدارة كيفن ستيت، مدير المالية وأمين الخزانة.

يتولى قسم تكنولوجيا المعلومات تطوير وتشغيل وصيانة أنظمة البرمجيات والأجهزة والمعلومات الخاصة بهيئة النقل في جنوب السودان. ويشمل ذلك جميع أنظمة المعلومات المالية والإدارية، وشبكة المنطقة الواسعة (WAN) التي تربط المرافق، وجميع برامج وعمليات البرمجيات والأجهزة. ويشرف على القسم جوزيف ماهوني، مدير تكنولوجيا المعلومات.

تتولى إدارة رسوم الطرق إدارة وصيانة نظام تحصيل الرسوم الإلكتروني للهيئة، وعمليات E-ZPass، وتطبيق نظام تحصيل الرسوم الإلكتروني بالكامل. كما تُعنى الإدارة بحل مشاكل مستخدمي E-ZPass، بما في ذلك أجهزة الإرسال والاستقبال، ورسوم الطرق الفائتة، والمخالفات. تُشرف كارين كوغلين، مديرة إدارة رسوم الطرق، على الإدارة.

يُطلع قسم الاتصالات الجمهور على أخبار الهيئة، ويُدير جميع العلاقات الإعلامية. وهو مسؤول عن إعداد فعاليات الهيئة العامة، والتسويق العام، وحملات الإعلانات الطرقية. كما يُدير القسم موقع الهيئة الإلكتروني وحضورها على مواقع التواصل الاجتماعي، ونشر المعلومات العامة، ونقل طلبات قانون حماية حقوق الملكية الفكرية (OPRA) إلى المسؤول المختص، وتعزيز العلاقات العامة من خلال الفعاليات والمنشورات والحملات الترويجية وبرامج التوعية، والعلاقات المجتمعية. يشرف على القسم ديفيد زابارييلو، مدير الاتصالات.

تُشغّل إدارة خدمات النقل مساراتٍ تُركّز على زيادة فرص العمل في المناطق التي لا تصلها خدمات النقل العام. كما تُقدّم خدمات النقل عبر اتفاقيات خدمات مشتركة مع العديد من الجامعات والمقاطعات والشركات. وفي إطار دورها في خدمة المجتمع، تُسهّل الإدارة برنامجًا قويًا لتوصيل الوجبات إلى المنازل في مقاطعة كامدن. تُموّل هذه العمليات من المنح ومساهمات أصحاب العمل، وتخدم مقاطعات أتلانتيك وكامدن وغلوستر. يُشرف على الإدارة دومينيك داميكو، مدير خدمات النقل.